Bilag 1 til Vejledning om genomforskning: Metodelisten

Omfattende kortlægning af det humane genom

Omfattende kortlægning af genomet betyder at man undersøger hele eller store dele af genomet, med metoder der kan tilvejebringe detaljeret information om enkeltindividers arvemasse, f.eks. i form af DNA/RNA sekvensbestemmelse.

Der genereres typisk store mængder af data, med information der inkluderer kendskab til variationer i genomet i form af Single Nucleotid Polymorfier/Varianter (SNPs/SNVs), insertioner og deletioner (Indels), tandem repeats, og Copy Number Varianter (CNV).

Fælles for disse varianter er, at der er en mulig risiko for at de kan være af væsentlig helbredsmæssig betydning for individet.

Nedenfor er beskrevet hvilke metoder til bestemmelse af sekvens- og strukturelle forskelle, der for nuværende anses for at falde ind under omfattende genomforskning.

Data, der genereres ved brug af følgende Next Generation Sequencing analyser - og long-read sequencing metoder (f.eks. Oxford Nanopore eller PACBIO teknologien), anses for omfattende kortlægning:

• Hel-genom sekventering (Whole-Genome Sequencing [WGS])

• Hel-exom sekventering (Whole-Exome Sequencing [WES])

• Total RNA og total mRNA sekventering (Transcriptomics)

• Sekventering af genpaneler, der inkluderer gener der ikke er relevante for forskningsprojektets formål, og som kan medføre risiko for sekundære fund.

• DNA-metylerings undersøgelser, der involverer en samtidig omfattende sekvensbestemmelse (feks Bisulfite sequencing)

Data, der genereres ved brug af følgende genotypnings-baserede metoder, anses for omfattende kortlægning:

• Genotypnings-arrays, der inkluderer sjældne (MAF < 1%) varianter, som kan medføre risiko for sekundære fund

• Genotypnings-arrays, der er beriget med genvarianter med høj risiko for fund af sygdoms-relaterede varianter, såsom varianter i de “Secondary Findings” Gener, der findes på ACMG’s liste

• Array CGH (Kromosom array)

Bemærk:

Anvendelse af ovennævnte genetiske analyser med henblik på at detektere somatiske varianter i f.eks. tumorvæv, anses også for omfattende kortlægning, hvis der er risiko for at identificere germline varianter.

Risikoen for sekundære fund kan nedsættes ved at filtrere data før den bioinformatiske eller statistiske dataanalyse. Data genereret med ovenstående metoder anses for omfattende kortlægning, hvis rådata eksisterer på individniveau og det i praksis er muligt at gå tilbage og tilgå rådata på et senere tidspunkt, f.eks. ved genanvendelse af data i senere projekter.

Targeteret sekvensbestemmelse af gen-paneler anses som udgangspunkt ikke for omfattende kortlægning. Ved undersøgelse af større paneler, med en deraf følgende forøget risiko for sekundære fund, anbefales det at følge de principper og overvejelser, der er fastlagt for omfattende kortlægning af genomet.

For genotypninger, der ikke falder ind under omfattende kortlægning, men hvor data efterfølgende anvendes til imputation, med høj imputationskvalitet for sjældne varianter, anbefales det ligeledes at følge de principper og overvejelser, der er fastlagt for omfattende kortlægning af genomet.

Regler om tilbagemelding vedrører genvarianter med høj penetrans, som disponerer for en sygdom af alvorlig karakter, og hvor sygdommen kan helbredes, behandles eller forebygges. Undtaget fra tilbagemeldingsreglerne er således tilbagemelding om risikovarianter med lav eller moderat penetrans eller med usikker klinisk betydning.